Отдел организован в 1973 г. под руководством К. А. Ланге на основе группы сотрудников организационно-методического отдела Научного совета Отделения физиологии АН СССР. В последующие годы Отделом руководили д. м. н. В. Б. Захаржевский, к. м. н. Н. И. Фомичев, к. б. н. Г. А. Михайлов. До 2016 года Отдел возглавлял к.б.н. А.Е.Чуйкин.

С момента создания отдела его задачей являлось комплексное решение научно-организационных проблем, связанных с основной деятельностью Института – организация и осуществление текущего и перспективного планирования научно-исследовательских работ, разработка комплексного плана социального и экономического развития, организация и планирование международных научных связей, создание справочно-информационного фонда.

В 1979 г. отдел получил статус научного подразделения. В его состав вошли Музей-квартира И. П. Павлова, Музей И. П. Павлова в Колтушах, патентно-лицензионная группа (с 2016 года патентовед Института - Молочнова Елена Георгиевна). Основными задачами становятся изучение закономерностей взаимосвязи фундаментальных и прикладных аспектов физиологических исследований как на современном этапе, так и в период зарождения физиологии в России, исследования в области истории физиологии и разработка комплекса научно-организационных и методических мероприятий по внедрению результатов физиологических исследований в различные отрасли народного хозяйства. В рамках проблемы проводились исследования эффективности программно-целевого планирования и прогнозирования в области физиологии. Патентно-лицензионная группа обеспечивала оказание методической помощи в составлении заявок на открытия, изобретения и рацпредложения, проведение патентного поиска по заявкам и плановым темам.

В настоящее время отдел является одновременно научным и научно-организационным подразделением Института. Сотрудники отдела выполняют научно-исследовательскую работу в области истории физиологии, в том числе изучение влияния научных идей И. П. Павлова на становление и развитие некоторых научно-исследовательских, учебно-научных и клинических учреждений Ленинграда–Санкт-Петербурга. Систематизирована информация об основных этапах организации и развития научных учреждений, возникших в Петербурге по инициативе И. П. Павлова. Среди них – Отдел патофизиологии высшей нервной деятельности человека в Институте экспериментальной медицины, при котором были созданы две клиники: нервная – на базе Психотерапевтического диспансера и психиатрическая?–?на базе больницы им. И. М. Балинского (1931 г.); клиники Института экспериментальной медицины на базе Обуховской больницы (1932 г.); кафедра физиологии и патологии высшей нервной деятельности в Медицинской академии последипломного образования (1935 г.). В 1925 г. по ходатайству И. П. Павлова Физиологическая лаборатория Академии наук приобрела статус института. Новые учреждения значительно увеличили возможности реализации многих идей павловской физиологической школы и развития на их основе новых научных направлений. Результаты исследования позволили более полно представить историю развития физиологической науки в Ленинграде–Санкт-Петербурге.

Другим важным направлением деятельности сотрудников отдела является обеспечение комплексного подхода к решению организационных проблем научной работы Института: планирование и координация научно-исследовательской работы, в том числе работы по реализации результатов НИР, планирование и организация работы диссертационных советов, планирование и организация международных научных связей, учет и контроль научно-технического сотрудничества с НИИ, вузами и другими организациями страны, информационная работа, издательская деятельность, организация работы Музея-квартиры И. П. Павлова, Музея И. П. Павлова в Колтушах, выполнение организационно-технических работ, подготовка справочных материалов по различным вопросам деятельности Института, участие в организации международных и отечественных конференций, симпозиумов, совещаний и выставок, проводимых Институтом.

С 1998 г. сотрудники отдела при поддержке сетевой группы Института и совместно с институтским филиалом Библиотеки РАН (Зав. – Л.А.Сосновская) осуществляют постоянную работу по поиску и распространению информации о деятельности фондов, программ и проектов, в которых сотрудники могут участвовать на конкурсной основе.